小智、小霞、小健及皮卡丘一行人来到了橘子群岛（火箭队在他们的后面跟随着），在行径的路途上遇到了暴风雨把他们吹到了亚西亚岛上，来到这里刚好村民在举行祭典，在祭典上小智从芙劳拉的口中听到一个古老的传说，『急冻鸟、火焰鸟、闪电鸟不能相互接触，不然会引起天地间的愤怒，世界会遭到灭亡』。然而这时坏人为了达到自己的目标抓洛奇亚，不惜破坏这个古老的传说，首先他到火之岛的上空发动攻击引出火焰鸟再把抓起它。小智从芙劳拉的口中得知这个古老的传说，然而在祭典上芙劳拉要小智成为拯救世界的人，但必须得到三样宝物，这三样宝物分别在火之岛、雷之岛、冰之岛。小智决定马上与皮卡丘和船长到火之岛找寻第一个宝物。在火之岛的路途中却遇到暴风雨，因为火焰鸟已被抓，所以这地方的自然环境己经遭受到破坏。一到火之岛，皮卡丘马上带着小智去找寻第一样宝物。而就在这个时候，因为芙劳拉认为是他让小智走向危险的地方，所以芙劳拉、小霞、小健就决定去找小智（火箭队躲在船的里面），当然，芙劳拉他们也遇到了暴风雨。这时在火之岛的小智与皮卡丘要离开时遇到火箭队，而就在火箭队要强夺皮卡丘时，芙劳拉一行人刚好来到。然而芙劳拉与小智说话的同时，闪电鸟出现在火之岛，就在皮卡丘用它的电击与闪电鸟说话时，坏人出现了，它把闪电鸟的能源吸收后就抓了闪电鸟，连同小智一行人也被抓了。到底小智等人会如何呢?