由古代传承而来的最强武器“WITCHBLADE”。据说，这种武器拥有自己的意志，按战斗自由改变形状，它的目的，只有“战斗”。为了满足战斗的渴望而必须的东西。那就是WITCHBLADE自己选择的适合者“命运之女”。现在，一个女人被选中了。 Kill or Live？传说，再次迎来“觉醒”之时。 　　不远的未来，东京。这里有两个寻求“最强武器”的大组织。研究最强兵器开发的导示重工，和想要通过控制基因制造优秀人类的NSWF。他们一心想要得到的是，挑选出的，拥有最强的威力的女孩“WITCHBLADE”，和能够自由控制她的力量。 　　震灾过后6年的东京，生活着一对母女：天羽雅音和梨穗子。两人梦想着共同生活而从儿童福利院逃出。但是，等待她们的是，WITCHBLADE带来的黑暗的力量，和过于残酷的命运……